L'Associazione San Luigi Gonzaga onlus, sin dal 2002 anno della sua costituzione, ha sede all'interno della AOU San Luigi Gonzaga ed ha come obiettivi prioritari:
- migliorare la qualità dell'assistenza sanitaria e socio sanitaria;
- dare maggiore risalto alla presenza dell'Ospedale sul territorio.
Per perseguire tali obiettivi l’Associazione si finanzia con donazioni,e contributi da imprese e privati cittadini, lasciti testamentari nonché con il contributo del 5 per mille.
Per quanto attiene al contributo del 5 per mille l’Associazione ha percepito nel 2017 la somma di euro 19.644,22 con 532 scelte effettuate in sede di dichiarazione dei redditi.